Dalam beberapa waktu, tidak semua yang berada di Kerajaan Mataram kuno adalah beragama Hindu seperti Raja Sanjaya serta keturunannya yang menganut aliran Hindu sekte Siwa. Terdapat keluarga dan selingan dari siwa berpindah ke Buddha Mahayana yaitu pada saat masa Rakai Panangkaran dan Pramodhawardani. 

Awal mulanya bahwa Rakai Panangkaran beragama Siwa dan berpindah ke agama Buddha Mahayana karena takut guru dari sang ayah dianggap tidak benar. Bukti menurut prasasti salah satunya adalah prasasti Kalasan. Prasasti Kalasan ditulis dalam bahasa Sansekerta dengan huruf Pra-Nagari. Bertarikh saka 700 atau tahun masehi 778. Prasasti Kalasan ini terdiri dari 12 bait. 

Baca Juga : Kerajaan Mataram dari era Dapunta Hyang hingga Sanjaya

Dalam Prasasti Kalasan ini terdapat hubungan baik antara Agama Hindhu dengan Agama Buddha, yaitu terdapat pada bait 2-3. Menurut Muljana (2006:186) pada bait 2-3 Prasasti Kalasan ini membahas mengenai para guru raja Sailendra mohon kepada maharaja dyah Pancapana Panangkaran agar beliau membangun candi Tara. Permohonan para guru itu ialah agar dibangunlah arca dewi Tara, candinya, dan beberapa rumah untuk para pendeta yang fasih akan pengetahuan Mahayana Wiyana. 

Selain hal itu, bukti lain yang memperkuat agama Buddha Mahayana dapat dilihat dari prasasti Kalasan 778/779 M, prasasti Kelurak 782, Prasasti Abhayagiriwihara, dari Bukit Ratu tahun 792 serta prasasti dari Plaosan Lor. Dalam prasasti kelurak bahwa disebutkan adanya seorang guru  Gaudidwipa yang telah memimpin upacara pentahbisan acara Manjuri di candi sewu. 

Gaudi atau Gaud ini ada di daerah Benggala. Penggunaan huruf siddham itu hingga kini diketahui hanya terbatas pada keempat prasasti tersebut, dan kemudian didapatkan bahwa pada materai materai tanah liat yang berisi mantra-mantra agama Buddha, baik yang ada di Jawa Timur, bali, Banyuwangi. 

Baca Juga : Mao Tse Tung : Perjalanan MAO TSE TUNG Sebagai Tokoh Revolusioner

Dari sini menurut data artefaktual bahwa ditemukan materai-materai yang berisi mantera-mantera yang digunkanan dalam kegiatan agama Buddha Mahayana. Selain itu jika dilihat dari kompleks percandian juga bisa dilihat bahwa pada Kerajaan Mataraan Kuno ini juga terdapat peninggalan yang dapat berupa candi dengan kompleks Buddha. 

salah satu candi tersebut adalah Kalasan, Candi Plaosan Lor yang melambangkan kesatuan kerajaan, dan Candi Borobudor untuk pemujaan pendiri rajakula Sailendra. Selain itu pendirian candi kalasan pada tahun 700 saka dan pembangunan lagi bangunan di Bukit Ratu Baka karena ada prasasti yang berbahasa Sansekerta dibukit ini serta memungkinkan untuk sebuah biara di bukit Ratu Baka. 

Selain itu terdapat sisa-sisa bangunaan Candi Buddha yang besar, seperti arca-arca Buddha dan Boddhisatwa di Bogem daan desa Boyolali.