DISINTERGASI PADA MASA REFORMASI

1. Konflik Kesektarian Kepulauan Maluku

Penyebab utama konflik ini adalah ketidakstabilan politik dan ekonomi secara umum di Indonesia setelah Soeharto tumbang dan rupiah mengalami devaluasi selama dan seusai krisis ekonomi diAsia Tenggara. Rencana pemekaran provinsi maluku menjadi Maluku dan Maluku Utara semakin memperuncing permasalahan politik daerah yang sudah ada. Karena permasalahan politik tersebut menyangkut agama, perseteruan terjadi antara umat Kristen dan Islam pada Januari 1999. Perseteruan ini dengan cepat berubah menjadi pertempuran dan tindak kekerasan terhadap warga sipil oleh kedua belah pihak. Dua pihak utama yang terlibat konflik ini adalah kelompok milisi agama dari kedua pihak, termasuk kelompok Islamis bernama Jihad Laskar dan Angkatan bersenjata Republik Indonesia.

2. Peperangan Antar Agama di Papua 

Di Papua, Indonesia, bentrokan antara pendukung gerakan pro-kemerdekaan dengan aparat keamanan kerap terjadi. Namun, konflik antara umat beragama yaitu umat Islam dan Kristen juga bisa terjadi bila tak ditangani secara efektif. Pada 2007 kekerasan yang nyaris terjadi dapat dihindari di Manokwari dan Kaimana di propinsi Papua Barat. Tapi, tetap saja ketegangan itu menyisakan perasaan sakit hari di kedua belah pihak. Penyebab utamanya yaitu perpindahan penduduk Muslim dari daerah lain di Indonesia ke Papua yang terus berlangsung; munculnya kelompok-kelompok baru yang bersifat eksklusif di masyarakat Islam maupun Kristen yang telah memperkuat persepsi bahwa agama yang lain adalah musuh; dampak yang tidak hilang-hilang dari konflik Maluku; dan pengaruh dari perkembangan di luar Papua. 

Pemerintah daerah maupun pusat perlu memastikan bahwa tidak ada peraturan daerah yang diskriminatif yang dijadikan undang-undang dan tidak ada kegiatan oleh organisasi agama yang eksklusif yang dibantu oleh dana pemerintah.

3. Konflik komunal di Maluku 

Konflik etnis-politik yang melibatkan agama di kepulauan Maluku, Indonesia, khususnya pulau Ambon dan Halmahera. Konflik ini bermula pada era Reformasi awal 1999 hingga penandatanganan Piagam Malino II tanggal 13 Februari 2002.Penyebab utama konflik ini adalah ketidakstabilan politik dan ekonomi secara umum di Indonesia setelah Soeharto tumbang dan rupiah mengalami devaluasi selama dan seusai krisis ekonomi di Asia Tenggara. 

Rencana pemekaran provinsi Maluku menjadi Maluku dan Maluku Utara semakin memperuncing permasalahan politik daerah yang sudah ada. Karena permasalahan politik tersebut menyangkut agama, perseteruan terjadi antara umat Kristen dan Islam pada Januari 1999. Perseteruan ini dengan cepat berubah menjadi pertempuran dan tindak kekerasan terhadap warga sipil oleh kedua belah pihak. Dua pihak utama yang terlibat konflik ini adalah kelompok milisi agama dari kedua pihak, termasuk kelompk Islamis bernama Laskar Jihad, dan Angkatan Bersenjata Republik Indonesia. 

4. Disintegrasi Timor-Leste 

Sejak berkhirnya Orde baru pada tanggal 21 Mei 1998, yang menyebabkan terjadi pergantian presiden dari Soeharto kepada B.J Habibie, hal itu membuka cakrawala baru bagi penyelesaian masalah Timor Timur. Akhirnya, pada masa pemerintahan B.J Habibie ,pemerintah Indonesia mengambil kebijakan untuk melakukan jajak pendapat di Timor Timur. Referendum atau lebih dikenal dengan jajak pendapat akhirnya dilaksanakan pada tanggal 30 Agustus 1999 di bawah pengawasan misi PBB untuk Timor Timur, yaitu UNAM(United Nations Mission for East Timor). 

Hubungan antara Indonesia da Timor Timur hancur sepenuhnya ketika rakyat Timor Timur menolak tawaran otonomi Indonesia. Pejabat pejabat Orde Baru yakin pada propagandanya sendiri , sejak awal proyek integrasi mereka telah menegaskan bahwa rakyat Timor Timur akan menerima integrasi kalau mereka mengalami manfaat material dari pembangunan Indonesia. Miter marah dan sangat kecewa dengan penolakan oleh rakyat Timor Timur dan berakhirnya secara mendadak proyek integrasi.

Terror yang dilakukan oleh militer pada proyek ini bukanlah pengalaman baru bagi wilayah ini, selama masa pendudukan rakyat Timor Timur menjadai sasaran tktik militer yang ekstrem. Sampai setengah dari seluruh penduduk telah mengalami pemindahan paksa pada akhir dasawarsa 1970an dan pendukung pendukung serta anggota Fretelin mengalami pembunuhan sewenang wenang. Pada minggu minggu setelah pengumuman hasil Referendum pada awal September 1999, sekitar 1.400 orang Timor Timur yang mendukung kemerdekaan dibunuh dan sampai 250.000 orang Timor Timur dipaksa keluar dari wilayahnya memasuki kamp kamp yang kondisinya buruk, kebanyakan berada di seberang perbatasan di Timor Barat.

5. Kasus Konflik Lampung Selatan

Konflik kerusuhan yang melibatkan Etnik Bali dan Etnik Lampung pada tanggal 27 sampai 29 Oktober 2012 di Lampung Selatan awalnya hanya merupakan konflik antar desa namun kemudian berkembang menjadi konflik antar etnik. Konflik ini di picu oleh peristiwa kecelakaan sepeda motor yang disertai pelecehan seksual yang melibatkan pemuda dari Desa Balinuraga (Etnik Bali) dan pemudi dari Desa Agom dan Desa Negeri Pandan (Etnik Lampung). Penelitian ini memiliki tujuan utama untuk menggali informasi mengenai akar terjadinya konflik. 

Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan dua orang narasumber, satu orang narasumber berasal dari Etnik Lampung (Agom) dan satu orang berasal dari Etnik Bali (Balinuraga). Data diperoleh melalui proses wawancara mendalam secara langsung dengan narasumber, serta mengunakan pengumpulan dokumentasi sebagai data tambahan. Hasil penelitian disimpulkan bahwa konflik yang terjadi dipicu oleh faktor utama, yaitu sikap Etnik Bali (Balinuraga) dalam hidup bermasyarakat yang dianggap menyinggung perasaan dan tidak sesuai dengan adat istiadat etnik pribumi (Lampung).