Seluruh rakyat Indonesia menuntut ingin kembali ke negara kesatuan, maka pada tanggal 17 Agustus 1950, RIS kembali berubah menjadi Republik Indonesia dan Presiden Soekarno menjadi Presiden RI. Mandat Mr Assaat sebagai pemangku Jabatan Presiden RI diserahkan kembali kepada Ir. Soekarno. Resminya kedudukan Presiden Soekarno adalah presiden konstitusional, tetapi pada kenyataannya  kebijakan  pemerintah  dilakukan setelah berkonsultasi dengannya.

Mitos Ditunggal Soekarno-Hatta cukup populer dan lebih kuat di kalangan rakyat dibandingkan terhadap kepala pemerintahan yakni perdana menteri. Jatuh bangunnya kabinet yang terkenal sebagai “kabinet seumur jagung” membuat Presiden Soekarno kurang memercayai sistem multipartai, bahkan  menyebutnya  sebagai  “penyakit  kepartaian”. Tak Jarang, ia juga ikut turun tangan menengahi konflik-konflik di tubuh militer militer yang juga berimbas pada Jatuh bangunnya kabinet. Seperti peristiwa 17 Oktober1952 dan Peristiwa di kalangan Angkatan udara.

Presiden Soekarno juga banyak memberikan gagasan-gagasan di dunia Internasional. Keprihatinannya terhadap nasib bangsa Asia-Afrika, masih belum merdeka, belum mempunyai hak untuk menentukan nasibnya sendiri, menyebabkan presiden Soekarno, pada tahun 1955, mengambil inisiatif untuk mengadakan Konferensi Asia-Afrika di bandung yang menghasilkan Dasasila Bandung. Bandung dikenal sebagai Ibu kota Asia-Afrika. Guna menjalankan politik luar negeri yang bebas-aktif dalam dunia internasional, Presiden Soekarno mengunjungi berbagai negara dan bertemu dengan pemimpin-pemimpin negara.

Situasi politik Indonesia menjadi tidak menentu setelah enam jenderal dibunuh  dalam peristiwa yang dikenal yang dikenal dengan sebutan Gerakan 10 September atau G30S pada 1965. Pelaku sesungguhnya dari peristiwa tersebut masih merupakan kontroversi walaupun PKI dituduh terlibat di dalamnya. Kemudian massa dari KAMI (Kesatuan Aksi Mahasiswa Indonesia) dan KAPI (Kesatuan Aksi Pelajar Indonesia) melakukan aksi demonstrasi dan menyampaikan Tri Tuntutan Rakyat (Tritura) yang salah satu isinya meminta agar PKI dibubarkan. Namun, Soekarno menolak untuk membubarkan PKI karena bertentangan dengan pandangan Nasakom (Nasionalisme, Agama, Komunisme). Sikap Soekarno yang menolak membubarkan PKI kemudian melemahkan posisinya dalam politik.

Lima bulan kemudian, dikeluarkanlah Surat Perintah Sebelas Maret yang ditandatangani oleh Soekarno. Isi dari surat tersebut merupakan perintah kepada Letnan Jenderal   Soeharto   untuk   mengambil   tindakan   yang   perlu   guna   menjaga keamanan pemerintahan dan keselamatan pribadi presiden. Surat tersebut lalu digunakan oleh digunakan oleh Soeharto yang telah diangkat menjadi Panglima Angkatan Darat untukmembubarkan PKI dan menyatakannya sebagai organisasi terlarang. Kemudian MPRS pun mengeluarkan dua ketetapannya, yaitu TAP No. IX/1966 tentang pengukuhan Supersemar menjadi TAP MPRS dan TAP No. XV/1966 yang memberikan Jaminan kepada Soeharto sebagai pemegang Supersemar untuk setiap saat menjadi presiden apabila presiden berhalangan.

Soekarno kemudian membawakan pidato pertanggung jawaban mengenai sikapnya terhadap peristiwa G30S pada Sidang Umum ke-IV: MPRS. Pidato tersebut berjudul (Nawaksara) dan dibacakan pada kan pada 22 Juni 1966. MPRS kemudian meminta Soekarno untuk melengkapi pidato tersebut. Pidato (Pelengkap Nawaskara) pun disampaikan oleh Soekarno pada 10 Januari 11967 namun kemudian ditolak oleh MPRS pada 12 Februari tahun yang sama.

Hingga akhirnya pada 20 Februari 1967 Soekarno menandatangani Surat Pernyataan Penyerahan Kekuasaan di Istana Merdeka. Dengan ditandatanganinya surat tersebut maka Soeharto de facto menjadi kepala pemerintahan Indonesia. Setelah melakukan Sidang Istimewa maka MPRS pun  mencabut  kekuasaan  Presiden Soekarno,  mencabut gelar Pemimpin Besar Revolusi dan mengangkat Soeharto sebagai Presiden RI hingga diselenggarakan pemilihan umum berikutnya.